Методика одинакова не только для FRN и не только для UNIX/Linux.
Так как физика процесса никак не зависит от программного обеспечения.

Основной принцип:
- громкость звука за пределами компьютера (на радиостанции и на согласующем устройстве) должна быть максимальной, но желательно без искажений;
- усиление по компьютерному входу - минимальным;
- на момент настройки АРУ отключено.

Очень удобно контролировать качество настройки уровня визуально в каком-нибудь звуковом редакторе (например, Audacity) на запись.
Например, по схеме ниже можно видеть как слышат линк другие пользователи FRN. Глазами очень хорошо заметны и перемодуляция и недомодуляция.
Также можно использовать какую-нибудь программу для анализа спектра, например, Spectrum Lab, чтобы увидеть различный мусор в сигнале линка.